Най-ранната история на Перник започва още преди цели 8000 години. Първите сведения за поселищен живот в района на Перник датират от 6000 г. пр. Хр. /ранен неолит/. За живялото тук тракийско племе агриани споменава още Тукидит, когато разказва за похода на одриския цар Ситалк срещу македоните през 429 г. пр. Хр. Други тракийски племена в областта били граеите и илеите.
Техният основен град се наричал Адева (Adeβa), върху чийто развалини е построен Перник. Тези земи били крайните в неговата държавна организация. Богати археологически находки свидетелстват за тракийско селище от късния неолит. От това време е най-богатата в централнобалканската зона керамична колекция, която се пази в Историческия музей. Тук се съхранява и чудесна експозиция от релефи и скулптури, посветени на здравоносните божества Асклепий и Хигия, почитани в района заради наличието на много минерални извори.
През VII век в тези земи се заселват славяните, с името на чийто бог Перун се свързва името на града (въпреки, че в пернишко “Перяник” се е употребявало за шаферите, които носят байрака по време на сватбената процесия, а в трънско за тези, които носят перо в шапките си като символ на отличие). Точният произход на думата Перник е доказан от археолога Васил Миков, според който Перник идва от Перун с добавен суфикс -ик).
В началото на IX век неголямото славянско селище с многолетна история е включено в пределите на Дунавска България. Най-вероятно още от създаването си носи името Перник (Перуник, Периник). Българите се възползват от укрепеното място и в пролома на Струма изграждат една от най-мощните български твърдини – Перник. За пръв път това име се споменава през IX век.
По времето на кан Омуртаг селището влиза в пределите на българската държава и става гранична крепост. Крепостната стена върви по естествените очертания на платото на хълма Кракра, широка е над 2 м и обхваща над 4,5 ха. Главната порта е в североизточната част на крепостта, от нея започва главната улица. В нея са разположени административни, стопански, жилищни и религиозни сгради. При археологически разкопки са намерени много монети и печат на цар Петър (927-970 г.).
За пръв път през Средновековието селището е споменато в житието на свети Иван Рилски – пустинножителят „отиде в Перник и се настани в место каменно близо до река, наречена Струма, и тук си направи свое покоище“. Свети Иван Рилски е небесен покровител на българите, пазител на миньорите и покровител на града.
Антични и средновековни забележителности:
Средновековната крепост Кракра се намира в южния край на града, на 2 км от центъра. Разположена е на десния бряг на река Струма и е свързана с името на войводата Кракра Пернишки, за когото са се запазили писмени свидетелства във византийските хроники. Проучена и реставрирана през 1975-1985 г.
Историците смятат, че крепостта Перник е създадена след 809 г., когато хан Крум присъединява към българските земи и териториите на днешна София и околностите. Дълго време преди идването на хан Крум тези земи са били заселени от траките. Чрез археологически проучвания е установено, че на мястото на крепостта, преди нейното построяване, е съществувало тракийско селище с неголеми размери.
Крепостта на Кракра е една от големите български крепости. Оградени от крепостните стени са били около 50 декара. Самото ограждение е имало дължина от близо 800 метра. Историците смятат, че крепостта е изпълнявала защитни функции преди преминаването на кръстоносците от Третия кръстоносен поход (1189-1192) през тези земи. След това крепостта е била изоставена и не е била използвана.
В момента се извършват нови разкопки в крепостта.
Антично светилище край квартал “Църква“ от II-IV век, посветено на боговете на здравето. Разположено е в равнинна местност, на брега на река Рударци. Състои се от култов двор (24×28 метра), в чиято запазена част е разположен малък храм и монументален жертвеник към него.
