Името на града през 1565 г. е споменато отново като Дупница, а лондонското евангелие от 1578 г. изписва името като Дупеница. През 1634 г. името на града е записано като Дупнеца. Очевидно става дума за различни изписвания, които се доближават до един общ и усреднен вариант, a сведението на Арнолд фон Харф може да дава неточна транслитерация. Според академик Йордан Иванов името произлиза от старобългарската дума дѹпьнъ – „дупчест, издълбан“.
През 1948 г. градът е преименуван от новата комунистическа власт на Станке Димитров, на името на дупнишкия комунистически функционер Станке Димитров, като градът отново е преименуван през следващата 1949 г. на прякора му – Марек. Това име остава до 1950 г., тогава градът е преименуван отново на Станке Димитров, което име остава в продължение на 40 години. Старото име Дупница е върнато през 1990 г.









