Доц. д-р Петрунова е признат археолог, ръководител на много експедиции и проекти. Била е зам.-министър на културата, заместник-директор на Националния археологически институт с Музей към Българската академия на науките (НАИМ-БАН). Ръководител на Секция по средновековна археология при НАИМ-БАН.
Под нейно ръководство, преди 4 г., при разкопките на нос Калиакра бе намерен пръстен със специална кухина за скрита отрова от края на 14 век. Това е първият пръстен за извършване на убийства, намиран някога не само на нос Калиакра, а и в България, съобщи тогава доц. д-р Бони Петрунова.
Ръководител е на повече от 50 археологически експедиции – теренни проучвания и разкопки. Ръководител на различни проекти, свързани с археологически проучвания, туризъм, популяризиране и опазване на българското културно-историческо наследство. Автор е на повече от 200 книги, статии, монографии, научно- популярни публикации.
Доц. д-р Бони Петрунова заема поста на досегашния директор на музея Божидар Димитров, който се пенсионира. Той ще бъде отличен от министъра на културата Боил Банов за изключителния му принос в развитието и утвърждаването на българската култура и национална идентичност. Церемонията ще се проведе в петък, 3 ноември, от 11:00 ч. в галерия „Средец“ в Министерството на културата.