Докато политиката му на гласност довежда до демократизация на режима в СССР и Източна Европа, то перестройката не е в състояние да реши проблемите на командно-административната икономика. Разходите по войната в Афганистан и ниските цени на нефта след 1981 г., водят съветската икономика, разчитаща предимно на износ на тази суровина, до необявена криза. Неуспехът за справяне с въоръжения конфликт за Нагорни Карабах между съветските съюзни републики Армения и Азербайджан създава предпоставки за сепаратизъм в Съветския съюз. Армения напуска СССР през 1988 г.
На 10 януари 1991 Горбачов дава ултиматум на литовския парламент да възстанови спазването на конституцията на СССР и да анулира всички неконституционни закони. На следващия ден дава заповед да бъде свалено литовското правителство, при което умират 14 души, а над 600 са ранени. Това има много силен отзвук в Западна Европа в подкрепа на Литва.
В отговор на разрастващия се сепаратизъм Горбачов предлага създаване на нов съюз – на независимите държави, в които участието да е на доброволни начала. Подписването на новия съюзен договор е планирано за 18 август 1991 г. Твърдолинейните комунисти в партията обаче са против всякаква реорганизация на СССР и организират преврат за сваляне на Горбачов от власт.
Президентът на Русия Борис Елцин организира съпротива срещу преврата (19-21 август 1991 г.) и това му носи допълнителна популярност. На 25 декември 1991 година Горбачов обявява по съветската телевизия оттеглянето си от поста президент. На практика с неуспешния преврат се слага и краят на СССР: използвайки отслабените позиции на Горбачов, Елцин подписва с президентите на Украйна и Беларус – трите страни-учредителки на СССР, споразумение за разпускането на Съветския съюз.
