Този въпрос разбунва духовете след неговата загадъчна смърт на 2 септември 1898 г. в парижкия хотел “Сюиз”.
Политическите противници на председателя на тогавашното Народно събрание разпространяват няколко версии за кончината му, включително и тази, че е бил отровен от франкомасоните, защото издал тяхна тайна като кореспондент на в.”Таймс”.
Не по-малко любопитен е фактът, че Джендо Стоянов Джедев (рожденото име на Захари Стоянов) бил единственият останал жив апостол на Панагюрския въстанически окръг в бунтовния април на 1876 г. Към него турската власт проявила великодушие, задоволявайки се само с принудителното му въдворяване в родното село Медвен.
През целия период на Освободителната война липсвали спомени на съвременници и документи за личната ангажираност на този бунтар. “Записките” на Захари Стоянов в по-късен период били обикновено свидетелство на “гузната му съвест” за проявеното “пасуване”.
Официалната диагноза за смъртта на българския летописец е occlusion intestinale (преплитане на червата), а след направената аутопсия е поставено заключение, че се отнася за “стомашна перфорация с последвал дифузен перитонит”, като не се изтъкват причините за смъртта.
В Париж българинът е посрещнат от Петър Гудев (който е студент тогава, а по-късно за периода 03.03.1907 – 16.01.1908 г. става министър-председател) и д-р Панайот Жечев, директор на Народното здраве и свидетел на последните му часове.
Вичо Стоянов (брат на покойника) през 1939 г. в специално издаден “Възпоменател лист” споменава: “Захари Стоянов е заминал за Париж от софийската гара на 29 август 1889 г. напълно здрав, придружен от съпругата си, от директора на железниците инж. Николов и от народния представител Иван Андонов. Цялата група пристигнала в Париж на 1 септември в 5 часа сутринта и се установила в хотел “Сюиз”. Още от Белград Захария е почувствал болки в коремната област. На 2 септември в 21.30 часа той издъхнал. След 6 години списанието на д-р Витанов писа, че внезапната смърт се дължи на отравяне. Цитираното списание е “Медицинска беседа” от 1895 г. Там се казва: “Да казваме ли за слуха, който се носи по загадъчната смърт на Захарий Стоянов, който много “навреме” умря в Париж и който, вместо да се аутопсира в Анатомическия институт от някой професор, аутопсира се надве-натри от един участъков врач.”
Съпругата на писателя Анастасия Обретенова-Стоянова е убедена в насилствената смърт на мъжа си: “един котленец е турил диамантен прах в кафето му и Захари умира от разкъсване на червата”.
Същата теза поддържат и някои от изследователите на българския летописец. Панталей Зарев е убеден, че: “Смъртта му е една от тайните на задкулисните дворцови интриги на Фердинанд. На път за световното изложение в Париж (1889 г.) той починал поради това, че изпил чаша бира със стъклен прах, предполага се приготвена по поръчка на някого.”
Людмил Стоянов пише: “На 2 септември той умира от разкъсване на червата поради отравяне.”
Някои обвиняват руския император Александър ІІІ, който бил изпратил тайни емисари, умъртвили чрез отрова “войнстващият русофоб Стоянов”.
Слуховете за умишлено убийство на председателя на Народното събрание на Царство България се поддържат и от европейската преса. Френският “Фигаро” отбелязва: “Носи се слух, че президентът З. Стоянов е жертва на атентат”.
Вестник “Матен” пише: “Г-н Стоянов не беше болен и не се знае причината за неговата внезапна смърт”.
По настояване на съпругата на Захари Стоянов тленните останки на съпруга й Захари Стоянов са погребани в град Русе. На погребалната церемония не са били допуснати жители на Котел и Медвен поради страх от сбивания и размирици.
Вестник “Свобода” излиза с траурен извънреден брой на 6.ІХ.1889 г., който включва официалните съобщения за смъртта, съболезнователните телеграми до близките на покойника, телеграмата на княз Фердинанд до премиера Стефан Стамболов, започваща със словата: “Скърбим за смъртта на нашия председател на Камарата”…, както и голяма уводна статия, посветена на жизнения му и творчески път – …” от скромен поборник до председател на Народното събрание, от почти неграмотен овчар от Медвен до пръв български писател и публицист”. Въпреки многото материали вестникът не дава отговор на въпроса – ненасилствено ли е умрял, или е отровен Захари Стоянов?
